Для укрепления нового государства было решено провести в стране прямые президентские выборы, которые и прошли 12 октября 1991 г. Подавляющим большинством голосов (95%) победу вновь одержал А.Акаев; по принятому тогда же закону он принял на себя и руководство правительством.
Новый расклад политических сил позволил на какое-то время форсировать экономические преобразования в республике. Уже в декабре 1991 г. была принята широкая программа приватизации. Распад СССР, однако, обернулся для Киргизии сложнейшими экономическими проблемами: для республики, 98% экспорта которой шло на рынки Союза, разрыв хозяйственных связей на тот момент оказался особо болезненным. В течение 1992 г. инфляция приняла четырехзначные значения, с сокращением поставок из других государств СНГ остановилось более половины предприятий; острейшей проблемой стала безработица.
В этой ситуации руководство страны пошло по пути мобилизации всех наличных ресурсов, в первую очередь интеллектуальных, делая главную ставку на развитие международного экономического сотрудничества. В страну были приглашены японские эксперты; установилось регулярное сотрудничество с международными финансовыми организациями; была принята программа привлечения международных инвестиций. Как об этом говорил А.Акаев, «за последние годы нами проделана огромная работа по привлечению в республику иностранной помощи и инвестиций. Открыты свободные экономические зоны, создаются благоприятные инвестиционные условия, льготный финансовый климат, образовано государственное агентство, которое способствует заинтересованным иностранным инвесторам… Большую экономическую помощь нам оказывают США, Япония, Германия, Турция, Швейцария, Нидерланды…»