Новое руководство энергично приступило к преобразованиям. В стране, где 95% территории занимают горы, остро стоит земельный вопрос, поэтому аграрная реформа стала одним из важнейших приоритетов президентской команды. Уже весной 1991 г. при ожесточеннейшем сопротивлении консервативной оппозиции (дискуссии в парламенте продолжались месяцами), были приняты законы «О крестьянском хозяйстве», «О земельной реформе» и новый Земельный кодекс: Киргизия, таким образом, стала одной из первых республик тогдашнего Союза, приступивших к радикальной реформе поземельных отношений. Практически реформа означала ликвидацию убыточных и низкорентабельных колхозов и совхозов, передачу земель в пожизненное и наследуемое владение фермерам, создание широкой сети кооперативных хозяйств.
В марте 1991 г. Киргизия приняла участие во всесоюзном референдуме о судьбе Союза ССР: за сохранение Союза высказались 95% голосовавших. Общественные настроения резко изменились после августовских событий в Москве. А.Акаев тогда оказался единственным из руководителей центральноазиатских республик, кто в первый же день путча осудил ГКЧП. 31 августа 1991 г. Киргизия провозгласила свою независимость.